当前，税收问题已经成为影响民办教育发展的一个重要政策因素，各地税务部门对此认识并不一致，做法也相差甚远，有些地方收，有些地方不收；有些地方多收，有些地方少收；有些地方只收所得税，有些地方还要收营业税，这个问题确实需要引起各界重视。
按照《民办教育促进法实施条例》的规定，所有民办学校都应该进行税务登记。事实上，不少地方的民办学校已经从去年底开始进行税务登记。问题在于，民办学校进行税务登记并不意味着就要缴纳营业税和所得税，因为只有在发生税法规定的某些具体行为时，纳税才依法成立。目前一些地方的区、县税务局要求民办中小学、幼儿园缴纳企业所得税，我认为是没有正确理解规定。国家税务总局下发的《事业单位、社会团体、民办非企业单位所得税征收管理办法》中明确规定：事业单位、社会团体、民办非企业单位的收入，除国务院或财政部、国家税务总局规定免征企业所得税的项目外，均应计入应纳税收入总额，依法计征企业所得税。那么，国务院有没有规定对民办学校免税呢？在财政部、国家税务总局的有关文件中规定：对从事学历教育的学校提供教育劳务取得的收入，免征营业税。对托儿所、幼儿园提供养育服务取得的收入，免征营业税。对学校经批准收取并纳入财政预算管理的或财政预算外资金专户管理的收费不征收企业所得税；对学校取得的财政拨款，从主管部门和上级单位取得的用于事业发展的专项补助收入，不征收企业所得税。
《民办教育促进法实施条例》明确规定：捐资举办的民办学校和出资人不要求取得合理回报的民办学校，依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策。因此，地方税务局根据国家税务总局下发的《事业单位、社会团体、民办非企业单位所得税征收管理办法》的通知，要求民办学校缴纳企业所得税的行为，理由是不充分的。
对于上述分析，税务部门有关人士认为，对公办学校不收税是因为其收入已经“纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理”，民办学校收入没有“纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理，因此并不符合财政部、国家税务总局的规定，向民办学校收税是合理的。”这种认识显然不准确，减免税是产业扶持政策，其目的在于扶持先导产业、战略产业、幼稚产业的发展，或者是为了扩大税基的需要，而不是根据资金管理方式；第二，在《民办教育促进法实施条例》的相关规定“捐资举办的民办学校和出资人不要求取得合理回报的民办学校，依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策”中，并没有明确以“纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理”为先决条件，由于民办学校并没有获得财政性资金，要求他们将收入“纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理”，既于法无据，也于情理不合，更不能以此作为不给民办学校依法享受与公办学校同等税收优惠政策的理由。
很多民办教育工作者发出呼吁：政府有关部门应该本着促进民办教育发展的宗旨，正确理解国家相关税收法规和部门规章，以当地最广大人民群众的根本利益为依据，对于不要求取得合理回报的民办学校，明确规定不向他们征收营业税和企业所得税，维护当地民办教育的健康发展局面。 吴华
来原《中国教育报》